Sebastian Chruściel w sezonie 2016/2017 grał w drużynie młodzieżowej Atromitosu Peristeri.
Początkowo polski stoper miał znaleźć miejsce w pierwszej kadrze Atromitosu, ale ostatecznie sztab szkoleniowy zdecydował, że środkowych obrońców ma wystarczającą ilość i Chruściel wrócił do drużyny młodzieżowej. Pierwszy mecz rozegrał dopiero w końcówce października, ale z biegiem czasu jego pozycja w drużynie rosła, a końcówka sezonu to popis skuteczności Polaka, który w trzech ostatnich meczach strzelił po bramce. Niestety Chruściel miał też dwa momenty, z których nie mógł być zadowolony, a mianowicie z czerwonej kartki, która ujrzał w pierwszej połowie meczu z Levadiakosem oraz z gola samobójczego w pojedynku z AEK-iem Ateny, co zresztą przyczyniło się od porażki w tych derbach.
17.,10.05.2017,Super League u-20,Atromitos Peristeri,PAOK Saloniki (D 7:0),90,



13.,01.04.2017,Super League u-20,Atromitos Peristeri,Panionios GSS U-20 (W 1:3),90,
12.,18.03.2017,Super League u-20,Atromitos Peristeri,AEK Ateny (D 2:3),90,

10.,04.03.2017,Super League u-20,Atromitos Peristeri,PAE Iraklis 1908 (D 4:1),90,
9.,25.02.2017,Super League u-20,Atromitos Peristeri,PAE Veria (W 3:2),90,
8.,22.01.2017,Super League u-20,Atromitos Peristeri,Levadiakos (W 1:1),30,

6.,18.12.2016,Super League u-20,Atromitos Peristeri,AO Platanias (W 3:2),90,
5.,10.12.2016,Super League u-20,Atromitos Peristeri,Panathinaikos Ateny (D 0:0),90,
4.,04.12.2016,Super League u-20,Atromitos Peristeri,AEL (W 0:1),90,
3.,27.11.2016,Super League u-20,Atromitos Peristeri,PAOK Saloniki (W 1:1),90,
2.,05.11.2016,Super League u-20,Atromitos Peristeri,AEK Ateny (W 1:0),90,
1.,29.10.2016,Super League u-20,Atromitos Peristeri,Olympiakos Pireus (D 0:1),22,
,,,,,1402,3/1s
[/table_sc]